Управление Гимназией осуществляется в соответствии с законодательством Российской Федерации, Уставом и строится на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности.

Верховное руководство Гимназией осуществляет непосредственно её Учредитель в лице Епархиального архиерея.

Епархиальная Комиссия по религиозному образованию и катехизации осуществляет контроль за качеством и содержанием преподавания в Гимназии церковных дисциплин, в том числе:

• дает заключение по самостоятельно разработанным Гимназией программам, курсам, дисциплинам;
• проводит аттестацию преподавателей вероучительных дисциплин в случае, если они не имеют богословского образования, и выдает им сертификат, дающий право преподавать данные дисциплины.

Учредитель участвует в управлении Гимназией и в рамках своей компетенции решает все основные вопросы деятельности Гимназии (см. Устав, пункт 7.3)

Основными формами общественного управления в Гимназии являются:

• Совет Гимназии;
• Попечительский совет;
• Педагогический совет;
• Родительский комитет.

Постоянно действующими коллегиальным органом управления Гимназией является Совет Гимназии. Совет Гимназии разрабатывает, принимает и направляет Учредителю для утверждения Устав Гимназии (изменения и дополнения к нему), а также локальные акты, затрагивающие интересы всех участников образовательного процесса. Кроме того, Совет гимназии рассматривает наиболее серьезные, сложные и актуальные вопросы жизни и деятельности гимназии, принимает решения и направляет их на рассмотрение и утверждение Учредителя. 

Попечительский совет Гимназии является формой самоуправления Гимназией. Попечительский совет, созданный решением Совета Гимназии, осуществляет поиск и организацию внебюджетного финансирования, а также оказывает содействие в реализации уставных целей, улучшению условий обучения в Гимназии.

Исполнительным органом Гимназии является Педагогический совет, в состав которого входят Директор Гимназии, его заместители, Духовник Гимназии, педагогические работники, библиотекарь, медицинская сестра.

Духовное окормление участников образовательного процесса в Гимназии возложено на Духовника Гимназии. Духовник Гимназии назначается Епархиальным архиереем из числа клириков Козельской Епархии Русской Православной Церкви (Московский Патриархат) и подотчетен ему в своей деятельности. 

Исполнительно-распорядительные функции и оперативное руководство Гимназией осуществляет Директор Гимназии, назначаемый Епархиальным архиереем сроком на 5 лет.

В Гимназии может быть создан Родительский комитет, избираемый на общем собрании родителей (законных представителей).

В Гимназии могут создаваться на добровольной основе органы ученического самоуправления и ученические организации. Гимназия предоставляет представителям ученических организаций необходимую информацию и допускает их к участию в заседаниях органов управления Гимназией при обсуждении вопросов, касающихся интересов обучающихся.